El club nicoleño llegó desde la Liga C a la vieja Liga B en 1988, en donde permaneció hasta 1992 tras haber logrado el histórico ascenso a la Liga Nacional ante Banco de Córdoba. En la “A” el Náutico se mantuvo durante doce años, y bajó al segundo nivel en 2004. Su descenso en el TNA se produjo en 2008 y ahora tras cinco participaciones en la Liga Federal, los regatenses saltaron de divisional.

Regatas estuvo a un paso del ascenso por méritos deportivos, perdiendo la chance de llegar por esa vía a la Liga Argentina tras haber caído con River Plate en la serie final de la Región Sur de la Liga Federal 2026. Sin embargo, el club nicoleño aprovechó su momento, no dejó pasar la chance que se le presentó y, luego de haberle comprado la plaza a Atlético Echagüe de Paraná se aseguró su presencia en la segunda categoría, cuya temporada 2026/27 se pondrá en marcha en 45 días.
El Náutico llegó desde la Liga C a la vieja Liga B en 1988, en donde permaneció hasta 1992 tras haber logrado el histórico ascenso a la Liga Nacional ante Banco de Córdoba. En la “A” el elenco azul naranja se mantuvo durante doce años, y bajó al segundo nivel en 2004. Su descenso en el TNA se produjo en 2008 y ahora tras cinco participaciones en la Liga Federal, los regatenses saltaron de divisional.
Recordando su última participación hay que decir que, después de haber perdido dos buenas posibilidades de retornar a la elite en 2005 frente a Ciclista Juninense y en 2006 ante Juventud Sionista de Paraná, y luego de haber sido superado en cuartos de final claramente por Olimpia de Venado Tuerto en 2007, para la campaña siguiente Regatas tenía la intención de ser protagonista. Sin embargo, las rápidas partidas de Diego Belvedere y del extranjero Nathaniel Green, el posterior cambio de entrenador (Pedro Escarain reemplazó a Jorge Acosta), las constantes lesiones y modificaciones en su plantel y la falta de jerarquía entre sus jugadores, fueron llevando a Regatas hacia la zona peligrosa de la competencia. En efecto, ya sin Lucas Bertucelli ni Iván Zuelgaray, con Stanley Easterling y Eloy Martín diezmados físicamente, con Trelonnie Owens como su cuarto foráneo del certamen, los nicoleños terminarían descendiendo, teniendo a Sergio Ravina como su mejor hombre y en sus filas, además, a Ernesto Currat, Alejo Meire, Mariano D´Ambrosio, David Fernández, Maximiliano Marzilli, Rodrigo Noguera, Agustín Di Gennaro y Gerónimo Ingrata. En las últimas fechas se jugaron su permanencia, ganando ante Asociación Española de Charata y Alianza Catamarca. Pero en los duelos interparejas con Echagüe de Paraná Regatas debía lograr dos triunfos y su vez aguardar por dos caídas de Española, lo que finalmente no se dio. En marzo de 2008 dijo adiós. Dieciocho años después, con la divisional teniendo otra denominación, los regatenses volverán a competir en ese ámbito.

Todas su participaciones
| Temporada | Torneo | PJ | PG | PP | Posición |
| Liga B | 1988 | 26 | 16 | 10 | 16º |
| Liga B | 1989 | 20 | 9 | 11 | 17º |
| Liga B | 1990 | 20 | 7 | 13 | 26º |
| Liga B | 1990/91 | 41 | 25 | 16 | 5º |
| Liga B | 1991/92 | 39 | 29 | 10 | 2º (Ascenso) |
| TNA | 2004/05 | 36 | 18 | 18 | 7º |
| TNA | 2005/06 | 36 | 21 | 15 | 3º |
| TNA | 2006/07 | 34 | 15 | 19 | 6º |
| TNA | 2007/08 | 28 | 9 | 19 | 15º (Descenso) |

